一种古老的蛋白质,打破了手性规则

本文来自微信公众号:原理 (ID:principia1687),作者:糖兽

生命偏爱单手性

许多化学分子是具有手性的,它们能以“左手性”和“右手性”两种互为镜像的形式存在。但地球生命却对分子手性有着强烈的偏好,这种现象被称为同手性。例如,蛋白质和肽几乎全部由左手性的氨基酸构成;而核酸(RNA和DNA)中的核糖则是右手性的。

除了极少数例外,复杂分子的手性一旦被翻转,它们通常就会与地球生命系统“脱节”,无法继续发挥原有功能。正因为如此,长期以来,科学界普遍认为,镜像蛋白质无法执行其正常的生物学功能。

然而,在一项新的研究中,一个研究团队发现一种古老的蛋白质具有一种罕见的特性——“双手性”(ambidextrous),即使在镜像形式下,仍能发挥其生物功能。这一发现为蛋白质的进化提供了新线索,也引发了对地球生命起源的新思考。

对称的结构

分子生物学家Liam Longo在分析一种常见于DNA修复酶、能识别核酸的蛋白质片段(肽)时,注意到一个围绕着一条中心轴呈对称的结构。这种结构被称为“螺旋-发夹-螺旋(HhH)模体”。在许多能够与DNA和RNA相结合的蛋白质中,都能找到这种结构的身影。

当Longo盯着电脑屏幕上的HhH模体时,他突然产生了一个大胆的想法:这个对称的结构或许既能与右手性DNA结合,也能与左手性DNA结合!

为了验证这一设想,Longo与其同事合成了包含HhH模体的镜像肽(右手性版本),并在实验室中测试了它是否会与双链DNA结合。结果显示,结合确实发生了!这些镜像的右手性肽与DNA的结合能力,几乎与它们的左手性“孪生体”一样强。而且反过来,正常的左手性肽,也能够与镜像DNA(左手性DNA)结合。

具有“双手性”的HhH模体。(图/Longo,L.M.et al./Angewandte Chemie International Edition)

受到这些结果的鼓舞,Longo联系了计算化学家Levy,希望他利用分子模拟技术,来更细致地描绘这种结合到底是如何发生的。他们惊讶地发现:虽然天然的左手性肽和镜像的右手性肽在与DNA结合的方式上存在一些差异,但它们在结合过程中使用的都是相似的蛋白区域。换句话说,在分子层面,这两种结合模式是存在内在关联的。

镜像生命的线索?

这项研究是首个明确表明蛋白质可以具备“双手性”并与核酸结合的实例。但它引发的问题比解答的还要多。最根本的问题是:为何这种结构具备这种罕见的功能?

对此,研究人员尚且没有答案。但他们提出了一个可能的解释:这种模体可能在进化过程中为了能够适应多种DNA结构,而发展出了较强的灵活性,而“双手性”正是这种灵活性的结果。

但也有更大胆的设想正在萌生:这种模体可能是在一种“镜像生命”系统中进化出来的——这种生命形式包含左手性的核酸和右手性的蛋白质,与我们今天所知的生命正好相反。如果真的是这样,那这将彻底改写我们对地球早期生态系统的理解。

当然,研究人员谨慎地指出:要得出如此大胆的进化结论仍为时尚早。目前尚缺乏直接证据来支持这一假说。但这并非一个异想天开的假设——如果未来发现更多具有双手性的、能与DNA和RNA结合的古老蛋白,那么这一假设就能获得进一步支持。

展望未来,研究团队表示,他们将继续寻找其他具备“双手性”的蛋白质。此外,他们还认为,像HhH模体这样的双手性分子特征,或许有朝一日能成为连接天然生命与镜像生命的“分子桥梁”。如同研究人员所说的:“或许,我们正在与镜像生命迎头相撞。”

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